• Historiska studier: Historiska studier är ett humanistiskt område där samhälle, kultur och kulturarv studeras ur olika aspekter och med utgångspunkt i olika ämnestraditioner.
• Kritisk kulturteori: Kritisk kulturteori är ett forskningsområde som ägnar sig åt ett kritiskt motiverat studium av kulturella artefakter och praktiker.
• Miljövetenskapliga studier: Södertörns högskola har antagit utmaningen att integrera naturvetenskapliga och samhällsvetenskapliga ansatser för att skapa ett modernt, tvär- och mångvetenskapligt område: Miljövetenskapliga studier.
• Politik, ekonomi och samhällets organisering: Här studeras förändringar och sammanflätningar i det moderna samhällets institutioner, i dess organisering och i människornas vardag.
• Utbildningsvetenskapliga studier: Utbildningsvetenskapliga studier är ett område där bevarandet och förändrandet av kultur, kunskaper och värden i relation till utbildningsinstitutioner studeras.

Sedan 2001 finns även den internationella och mångvetenskapliga forskarskolan Baltic and East European Graduate School (BEEGS)