Lärarnas och doktorandernas forskning och intresse­områden sprider sig över olika tidsperioder, från den äldsta stenåldern till vår egen samtid, och inriktar sig på olika delar av det arkeo­logiska fältet med empiriska undersökningar, teoretiska fördjupningar såväl som diskussioner i kulturarvs- och hållbarhetsfrågor.

Forskarutbildningen i ämnet arkeologi är knutet till det mångvetenskapliga området Historiska studier. En stor del av doktoranderna finansieras av Östersjöstiftelsen och ingår i forskarskolan BEEGS (The Baltic and East European Graduate School). Ämnet har också haft förmånen att ha så kallade ”samverkansdoktorander”, vilka är yrkesarbetande arkeologer som genom sin arbetsgivare får ägna sig åt forskarutbildning på halvtid. Detta har hittills resulterat i två licentiatexamina.

Även forskningen är till stor del knuten till Östersjöstiftelsen, inte minst den marinarkeologiska inriktningen. Som en för landet unik specialisering bedriver ämnet forskning i marinarkeologi genom det marinarkeologiska forskningsinstitutet MARIS, som också bedriver forskningsprojekt med internationella samarbetspartners.

Annan forskning görs i samverkan, exempelvis har Riksantikvarieämbetet finansierat ett projekt om hur man kan föra in kulturmiljö och kulturarv i Sfi-utbildningen som Södertörnsforskare har bedrivit tillsammans med Blekinge museum. Arkeologiska forskningsundersökningar blir ofta stora projekt som bedrivs bäst i samverkan, ett pågående projekt som också inkluderar utbildning är undersökningarna i Vång, Blekinge, som görs tillsammans med Blekinge museum och Lunds universitet.