Lärarnas forskning fördelar sig huvudsakligen över de sju fokusområden, som också präglar upplägget av undervisningen, antik filosofi, tysk idealism, fenomenologi, feministisk filosofi, postkolonial teori, kritisk teori och modern fransk filosofi. Inom det antikfilosofiska högre seminariet studeras framför allt Platon och Aristoteles tänkande, där flera av lärarna publicerat sig, särskilt om den antika politiska filosofin.

Det högre feministisk-filosofiska seminariet i samarbete med Stockholms universitet håller regelbundet träffar kring ny forskning inom samtida feministisk och genusteoretisk filosofi. Det högre seminariet träffas regelbundet för att ventilera lärarnas och doktorandernas egen forskning och för diskussioner med inbjudna internationella gästföreläsare.

Det finns en egen skriftserie Södertörn Philosophical Studies, varav många volymer finns nedladdningsbara från webben. Lärarna är också aktiva i organiserandet av tvärdisciplinär forskning som även omfattar samhällsvetenskap och estetiska ämnen. Filosofiämnet var bland annat värd för ett av Sveriges största tvärdisciplinära humanistiska forskningsprojekt någonsin, ”Tid, minne och representation” (RJ 2010-2016).

Andra forskningsprojekt har behandlat religionsfilosofi, teknikfilosofi, estetisk teori och politisk filosofi.