Professor Elinor Andrén forskar om Östersjöns naturliga miljötillstånd i ett långt tidsperspektiv. I pågående forskningsprojekt studeras orsakerna till uppkomsten av syrefria, så kallade "döda bottnar", i Östersjöns djupare områden genom att undersöka vilken påverkan människor respektive klimat haft de senaste 2000 åren.
Professor Michael Gilek forskar om hur miljöproblem som miljögifter, övergödning och överfiske bedöms och hanteras. Han är speciellt intresserad av hur kunskap och råd från forskare och experter påverkar miljöpolitiken. I ett nytt EU-projekt granskar han förutsättningar för att utveckla marin fysisk planering för att hantera olika intressen, värderingar och politiska mål kopplade till Östersjöns miljö och naturresurser.
Professor Björn Hassler forskar om bland annat övergödning och överfiske i Östersjön. Viktiga frågor är under vilka villkor samarbetet mellan de enskilda Östersjöländerna äger rum och hur dessa villkor skulle kunna förbättras för att dels minska övergödningen och dels uppnå ett långsiktigt hållbart fiske.
Professor Kari Lehtilä forskar om ekologi och miljöfrågor i Östersjöområdet och Östeuropa. Ett aktuellt projekt handlar om landskapsutveckling och biologisk mångfald i skogs- och jordbruksmiljöer. Han studerar även förvaltning av biologisk mångfald och jordbrukslandskap.
Professor Sara Sjöling forskar om ekosystemfunktioner i Östersjön och hur stabila dessa är samt hur de påverkas av miljöförändringar såsom övergödnings effekter och förorening.